日本的商业秘密保护体系面临着公共利益、企业利益和员工利益之间的复杂平衡。以下将探讨这些利益之间的冲突，以及日本司法实践中的具体表现。
1. 对公共利益的保护： 日本商业秘密的构成要件包括管理性、有用性、非公知性和正当的利益。尽管存在不正当获取行为，公共利益和新闻自由等因素被考虑在内，商业秘密的内容如果与正常经济秩序无关，通常不能被禁止。法院在商业秘密案件中通常参考这些要件。
2. 对企业利益的保护： 日本在应用技术方面优于美国，但在基础技术方面相对薄弱，需要向外国支付大量基础工程专利费。在此背景下，法院对于商业秘密的保护相对较弱。一例是1986年的案件，法院认为原告未能明示被告侵犯商业秘密，且被告的设计方案并非原告的秘密，因此未能支持原告的诉讼请求。
3. 对员工利益的保护： 日本法院认为员工在就业中获得的知识、经验和技能属于个人财产，离职后的利用是员工的自由。竞业禁止协议必须在契约中明示约定，且不得剥夺员工的生存权或限制其择业自由。日本更倾向于保护员工的利益，依据宪法和基本法进行判断。
在日本，商业秘密保护受到多方面法律和道德观念的影响，需要在公共利益、企业利益和员工利益之间谨慎平衡。尽管商业秘密保护相对较弱，但日本的法律体系仍在不断演进，以适应日益复杂的商业环境。
